با قطعي شدن حكم حسين مرعشي در دادگاه تجديد نظر، وي براي اجراي حكم يك ساله زندان، ساعاتي پيش بازداشت و روانه زندان شد. مرعشی سخنگوی حزب کارگزاران ، نزدیک به هاشمی رفسنجانی، است.

مرعشی از اوّلِ انقلاب تا ریاست جمهوریِ محمود احمدی نژاد مسئولیت‌های گوناگون را در پروندهٔ خود دارد. مسئولیت‌های او از جهاد سازندگی شروع و به سازمان میراث فرهنگی و گردشگری ختم شد.

مرعشی در کارنامهٔ فعّالیت‌های خود ۸ سال استانداریِ کرمان و ۲ دوره نمایندگیِ مجلس در دوره‌های مجلس پنجم و مجلس ششم را دارد.

وی در زمانِ دولتِ پنجم و ششم با ریاستِ هاشمی رفسنجانی هم رئیسِ دفترِ او بوده‌است.

در اواخر دورهٔ چهار سالهٔ مجلس، از طرف سید محمد خاتمی به عنوان رئیسِ سازمانِ جدیدالتّأسیسِ میراث فرهنگی و گردشگری منصوب شد.

او با آمدنِ دولتِ نهم در تیرماهِ ۱۳۸۴، از ریاستِ سازمانِ میراث فرهنگی برکنار شد و از آن پس به عنوانِ عضوِ ارشدِ و سخنگوی حزب کارگزاران سازندگی، همواره از منتقدینِ جدّیِ سیاست‌های محمود احمدی نژاد بوده‌است.

وی، در انتخاباتِ مجلس هشتم شورای اسلامی در فروردین ماهِ ۱۳۸۷ ، به عنوانِ قائم مقامِ ائتلاف اصلاح طلبان و رئیس ستاد ائتلاف اصلاح طلبان استان تهران انتخاب شد.

پس از رای دادگاه انقلاب علیه مرعشی ، وی خواهان تجدیدنظر شده بود اما دادگاه تجدیدنظر نیز با صدور رای خود ، بر رای دادگاه بدوی تاکید کرده است. در این رای آمده است:

در خصوص اعتراض و تجديد نظر خواهي آقاي سيد حسين مرعشي با وكالت آقاي بهمن كشاورز و مهرداد قرباني سرابي از دادنامه شماره 126 مورخ 12/10/88 صادره از 26 دادگاه انقلاب اسلامي تهران كه به موجب آن نامبرده به اتهام موضوع ماده 500 قانون مجازات اسلامي و به تجويز ماده 19 اين قانون به تحمل يك سال حبس و محروميت دائم از شركت در هرگونه حزب و موسسه كه به كارهاي سياسي و فرهنگي و اجتماعي بپردازد محكوميت يافته است. كه با توجه به تشريح جزئيات اتهام در دادنامه بدوي ضرورتي بر ذكر مجدد آن در اين مرحله ندارد.

با ملاحظه محتويات پرونده و لايحه اعتراضيه تجديد نظرخواه و اينكه از ناحيه ايشان ايراد و اشكال موجه و موثري كه مطابق شقوق مندرج در ماده 240 قانون آيين دادرسي دادگاههاي عمومي و انقلاب در امور كيفري سبب بي اعتباري و در نتيجه نقض دادنامه صادره و رسيدگي بيشتر را فراهم نمايد ارائه نگرديده است. عمده مطالب آورده شده در لايحه اعتراضيه تكرار مطالب بدوي است.

لكن مستنبط از ماده 19ق.م.ا محروميت از حقوق اجتماعي مقيد به مدت است، لذا باستناد ماده 250 قانون آيين دادرسي كيفري طي تصحيح دادنامه بدوي از اين حيث با تعيين شش سال محروميت از موارد مذكور، النهايه دادگاه مستندا به بند الف از ماده 257 قانون مار الذكر ضمن رد تجديد نظرخواهي به عمل آمده دادنامه معترض عنه را با اصلاح بعمل آمده تاييد مي نمايد. راي صادره به استناد ماده 248 همين قانون قطعي است.